Tomó los hábitos blancos de fraile de Santiago en el monasterio real de Palmela (cerca de Lisboa). Fue mestre de música de la Casa da Misericórdia en Lisboa. Luego fue a Madrid, donde se naturalizó castellano y fue nombrado cantante en la capilla real española el 1 de junio de 1641. A pesar de un aumento de su sueldo el 1 de agosto de 1642 y otros favores, compuso una misa de solfa en la que misteriosamente declaraba su obediencia al Rey João IV de Portugal. El 1 de septiembre de 1655, pretendiendo que deseaba competir para el puesto de maestro de capilla en Málaga, huyó a Córdoba donde escribió una carta auto incriminando a su hermana en Madrid. Por un decreto fechado el 18 de mayo de 1656 João IV lo nombró mestre de la capilla real portuguesa, puesto que continuó ocupando durante el reinado de Alfonso VI.

Aunque fue reconoció en España y Portugal como compositor de las más altas virtudes, sólo dos canciones seculares suyas sobreviven ahora, en un manuscrito copiado en 1655. Se conservan dos composiciones suyas en el “Libro de Tonos Humanos”, “Es, en el mar de la corte” y “No cantéis, dulçe ruyseñor"; esta última, para tres voces, una de las canciones más emotivas en toda la colección de 1655, demuestra que en el siglo XVII español mi-fa podía, a pedido del compositor, ser cantado como un paso de semi corchea y sol-la como un semitono.

Según Barbosa Machado, Cruz escribió también antes de 1649 dos misas, una, en diez partes, titulada "Que razón podeis vos tener para no me querer" y probablemente parodiando a Juan Vásquez, la otra "Sola reynas tu en mi", cuyas sílabas de solfa, como se expresa arriba, debían entenderse ‘Joannes Quartus Rex mi'; varias colecciones de vísperas poli corales y servicios de completas; y dos motetes, "Dimitte me", para 12 voces, y "Vivo ego", para cinco.

De sus cinco villancicos listados en el catálogo de João IV (1649), el único para Navidad está en portugués, los cuatro para Corpus Christi en español. Puso música al poema de Francisco Manuel de Melo "Sy apagar quieres Lucia", publicada en "La avena de Tersicore" (Obras métricas, II, Lyon, 1665).